Основные инструменты обсерватории — оптический телескоп БТА с диаметром главного зеркала 6 метров и радиотелескоп РАТАН-600 с кольцевой антенной диаметром 600 метров. Доступ к телескопам, имеющим статус инструментов открытого коллективного пользования, предоставляется по итогам конкурса заявок, который проводит Национальный комитет по тематике российских телескопов (НКТРТ)[2].
Обсерватория расположена в Зеленчукском районе Карачаево-Черкесской Республики. БТА установлен на склонах горы Пастухова на высоте 2100 метров. Здесь же находятся два малых телескопа диаметром 1 и 0,6 метра. РАТАН-600 сооружён в 20 км от БТА на окраине станицы Зеленчукская на высоте 970 метров. Научный посёлок Нижний Архыз построен на берегу реки Большой Зеленчук. Обсерватория имеет филиал в Санкт-Петербурге (Пулково)