В состав музея входят:
Губернский музей, Первый музей Сибири
Дворец Наместника, Музей истории управления Сибирью
Губернаторский дом, Музей Семьи Императора Николая II
Архиерейский дом, Музей истории православия Сибири
Визит-центр «Гостиный двор», Музей сибирского предпринимательства, Резиденция Сибирского Воеводы, Крапивная мастерская, Гостиница «Опочивальни»
Дом мастеров, Музей сибирских промыслов и ремёсел, Гончарная мастерская
Рентерея, открытое фондохранилище «Временно доступен»
Тюремный замок, Музей сибирской каторги и ссылки, Хостел «Узник»
Научная библиотека, Музей уникальных книг и редких изданий
Губернская судебная управа, Экспозиция «Единый дух Победы»
Семейный музейный центр «Камелёк»